Tra le prime chiese dedicate al Poverello c’è quella eugubina di San Francesco, edificata su parte delle proprietà della famiglia Spadalonga. Non si conosce la data d’inizio dei lavori per l’edificazione della chiesa e del convento annesso, ma la costruzione è fortemente voluta dagli eugubini subito dopo la morte del Santo, per il profondo legame e la devozione nei suoi confronti.

La Chiesa si impone immediatamente per la grandiosità (una tra le più grandi dell’Umbria) e per l’elegante architettura.
La struttura basilicale a tre navate è stata realizzata all’esterno con conci di pietra bianca e rosata, di rara luminosità nei giorni di sole, mentre all’interno i pilastri ottagonali e i cicli pittorici dell’abside non scalfiscono la sobrietà d’insieme della chiesa francescana.
La cappella di sinistra ospita uno dei cicli pittorici tardogotici più importanti dell’Umbria: opera di Ottaviano Nelli, eseguita tra il 1408 e il 1413 e dedicata alla Vergine.
Nella cappella di destra, invece, sono presenti i resti dell’antico fondaco dove, secondo la tradizione, l’amico “ritrovato” Spadalonga veste Francesco con il primo saio, l’abito dell’ordine che si diffonderà in tutto il mondo insieme al messaggio del Poverello.
Accanto alla chiesa sorge un grande convento che, proprio per la sua ampiezza, è definito Centocelle.